“微生物的应用不仅在畜牧上。”山东华牧天元农牧股份有限公司董事长刘玉民介绍。
专家认为，当代世界农业大体上趋于两个不同的方向:“传统农业”和“微生物农业”。传统农业就是以化肥、农药、各种生长激素来发展农业的途径，其产生的农业副作用也是明显的:环境污染，土壤板结，农村大量动物消失，给人们的生命安全带来威胁。
而“微生物农业”则能够避免“传统农业”的弊端，这是一种能够避免环境污染、土壤板结等严重问题的新型农业，一种能够使物种和动物不再灭绝，保证农业可持续发展，人类幸福安康的农业，“这将是现代农业的必由之路。人类不应该试图强行改造自然，应该学会利用自然资源为人类造福。”刘玉民说。
致力于微生物研究利用的刘玉民介绍，中国农业科学院包建中研究员是最早提出我国要搞微生物农业的。他主张要实现农业的可持续发展战略目标:“农业要向地球生物圈学习，即植物生产，动物消费，微生物分解还原，循环往复，生生不息的良性循环生物圈；将由植物和动物组“二维资源结构”的传统农业改建为“三维资源结构”:植物种植业，动物养殖业，微生物增值业(发酵转化业)的资源循环型、可持续发展的新型农业。”
包教授认为应当大力开发利用微生物资源。“地球三大生物之一的微生物资源是至今尚未充分开发和利用的生物资源宝库，应用高科技技术开发微生物资源，创建微生物工业的新型农业——微生物农业，这已是当今社会和科技发展的必然。”
2007年温家宝总理在一次农业工作会议的讲话中指出:“微生物技术的应用是中国农业未来之希望。”农业现代化的根本出路正是要向微生物农业发展。
目前，微生物在农业上的应用新品倍出，增效显著。来自河南的惠民生物公司也是一家以微生物研究、生产、销售于一体的企业。目前他们的产品主要是做供微生物吃的原料，专家介绍:“在蔬菜水果上使用后，增产效果显著，品质大为改善。在水稻增产试验中，增收达到了20%以上。”省蔬菜专家高中强认为这一产品将会为微生物在农业上的利用带来新变革。“目前微生物在农业上的利用开发正在兴起，这是一个很大的产业。”高中强表示。
山东华牧天元农牧股份有限公司的一项试验表明，利用微生物处理餐厨垃圾、海产品加工下脚料等都可以变废为宝，成为优质的饲料原料，而这将是未来饲料业竞争的核心所在。“将来的饲料业竞争，将不再是单纯的技术和市场竞争，而是微生物利用能力和饲料原料开发与性价比之争。”刘玉民认为，微生物将改变未来饲料业的走向。
专家指出，微生物资源开发有着巨大的潜力。微生物发酵工程应用于农业领域，能生产生物肥料，生物农药，兽药抗生素，食品和饲料添加剂、农用霉制剂、动植物调节剂等。
根据相关资料测算，我国农作物秸秆每年约有5亿吨，如果其中20%的秸秆，即1亿吨通过微生物发酵转化为饲料，则可获得相当于800亿斤的饲料粮，这是目前中国每年饲料用粮的三分之一。“微生物工业是节省土地的工厂化生产，一座占地不多的年产10万吨单细胞蛋白的微生物工厂，能相当于180万亩耕地生产的大豆(4821,-15.00,-0.31%)蛋白质，或3亿亩草原饲料牛羊生产的动物蛋白质。”专家表示。
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在种植上应用的效果如下：
增强植物新陈代谢，促进光合作用和强化叶片保护膜，抵抗病原菌，促时根系发达，使成期提前7-10天。产生抗菌物质，抑制有害微生物繁殖，产生有益物质防治农作物各类病害。有益菌群与土壤中放线菌等共生共殖，形成良好的作物生长环境，提高土壤肥质，彻底改良土壤性质，最终实现绿色有机农产品及免耕作业和可持续发展之路。低成本、高回报，经多类作物使用效果显著。如瓜果类，单果增重、糖度增加、保果率增加35%-50%。可发酵秸秆、动物粪便做有机肥！